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微生物数据库,微生物公共数据库

  • 生物
  • 2023-04-15
目录
  • 微生物数据库有哪些
  • 噬菌体鉴别菌落的方法
  • 中国微生物资源数据库
  • 微生物公共数据库
  • 微生物的抗数据库

  • 微生物数据库有哪些

    一般来讲有三个指数SV,MLSS和MLVSS

    SV之前几位都已说过。

    MLSS就是一定曝气池体积内污泥的质量。简单来讲就是取一定体灶模积(100ml)的曝气池混合液,用滤纸(或滤膜)过滤,然后烘干至恒重,测滤纸(滤膜)前后的质量差,即污泥质量,再除以取样体积,结果以mg/L表示。

    MLVSS是一定曝气池体积内有机质的质量,可以认为就是微生物的量。因为活性污泥由微生物和一些无机质等乱七八糟构成的,所以MLSS包括MLVSS和一些无机物质。MLVSS的测量和MLSS相顷缺似,可用同一水样。不同的是MLVSS在烘干之后需要在马弗炉内灼烧(将有机质燃烧去除,剩下无机质)。用MLSS减去剩下的无机质就是雀辩辩MLVSS了。

    具体实验做法还是到网上搜吧。

    噬菌体鉴别菌落的方法

    我国是生物多样性最为丰富的国家之一,由于历史的原因,从微生物资源的保藏数量、保藏质量,远远落后于日本、美国等生物多样性不丰富的国家,对微生物资源的研究也与资源大国的地位不符,微生物资源收集、保存、研究的积累量偏低将成为微生物学研究及产业发展的瓶颈。微生物的类群多样性最丰富,功能也多种多样,微生物新种属的发现认知,将是一个长期的过程。从巴斯德研究酵母发酵开戚轮始算人类有意识利用微生物资源开始的话,至今已有100多年的历史,20世纪50年代后,则是大规模利用微生物资源的黄金期,并且取得了辉煌的成就。80年代以后,由于分子生物学技术的发展,才意识到我们所认识的微生物仅仅是实有数的1%~10%,甚至不到千分之一。例如,我们所知道的真菌仅占5%,实际可能有150多万种,所知道的细菌仅占12%,实际可能有4万种。如果说我们所认识到的微生物资源仅占实有数的10%,实际被人们利用的不到0.1%,对微生物功能多样吵吵性的认识有待于进一步加强,微生物的开发利用有巨大的提升空间。ICCC-11会议上的微生物生态型(phenotype)的提出,对于理解、研究微生物资源的多样性具有深刻意义。

    我国的微生物菌种资源保藏开展时间较早,但发展过程比较曲折。我国近代微生物菌种保存始于上个世纪20年代,但只有零星的菌种存放在有关酿造实验室,建国之前,国家一直处于战乱时期,对微生物种质资源收集、保藏工作不重视,没有专门的机构,菌种保藏、检测、鉴定技术及设施相当落后,将数量比较多的菌种资源加以收集、保存,则是30年代后期方心芳先生在黄海化学工业研究社进行的。建国后一些研究单位相继成立了微生物菌种保藏组,如中国农业科学院土壤肥料研究所,收集以根瘤菌以微生物肥料、农用抗生素等农业微生物菌种中国医药生物制品检定所,收集医学细菌微生物菌种等。1979年,在原国家科委的组织领导下,召开了第一届全国菌种保藏会议,成立了中国微生物菌种保藏管理委员会,成立了6个专业性保藏管理中心。1984年7月,召开了第二届全国菌种保藏会议,成立了第七个专业性保藏管理中心,分别是普通微生物、农业微生物、工业微生物、兽医微生物、林业微生物、医学微生物、抗生素(后改为药用微生物)菌种中心,7个中心在各自专业领域内收集、鉴定、评价、保藏、供应微生物菌种,并承担国际交流任务。此后教育部与国家海洋局成立典型培养物和海洋微生物菌种保藏管理中心。在我国除分布有以上9个微生物菌种保藏管理中心外,一些大学、研究所的科研人员,也从事专业、特色微生物菌种资源的收集、鉴定、保藏工作,如中国农业大学根瘤菌微生物菌种保藏中心等。自2003年开始,在微生物项目组的组织协调下,在全国范围内形成了以9个中心为核心,以专业特色收集、保藏、鉴定为支撑的微生物菌种资源共享服务网络,多次出版菌种目录,开发建设了10个网站,以及数据库检索,长期以来,一直有专门的科技人员从事微生物菌种的鉴定、保藏、评价、供应以及共享交流等服务。

    参与项目建设的单位隶属于农业部、教育部、中国科学院等8个部门, 参与项目建设的80余个课题单位,分布于23个省27个城市。共计约有970余人参与项目工作,在项目人员组成中,其中,高级职称人员470余人,中级职称人员280余人,初级职称人员140余人,其他人员80人,其中博士260余人,硕士240余人,学士280人,其他学历180余人。

    根据《微生物菌种资源共性描述规范》,结合微生物菌种保藏工作的需要,并参考OECD的BRC工作组建议的微生物菌种数据信息内容,由项目承担单位完成与E-对应的统一数据结构、统一功能的微生物菌种资源信息管理模块的开发工作,提供项目参加单位使用。该模块包括微生物菌种资源信息数据库、培养基数据库、文献数据库和资源管理单位信息数据库,共包括111个数据项,涵盖了菌种名称、来源、生物安全、用途、培养及保藏方法、共享利用、文献、分类学特征(形态、理化性状、化学和分子特征)、以及资源管理单位信息等多个方面,80%以上的资源进行了数据化管理。并根据实际应用情况、共性描述标准的修订、以及E-的需高碰信要,不断进行调整和功能完善。此外,项目组根据“择需择重”的原则,项目组开发了细菌、酵母、放线菌、小型丝状真菌、食用菌、病毒等数据库数据库。

    中国微生物资源数据库

    野生食药用菌大数据库。

    由广东省科学院微生物研究所构建的野生食药用菌大数据库是目前国内最大的野生食药用菌数据库,共存有标本25000多份,菌种悉缓10000多株。

    数据库初步分析了野生食药用菌的发生及分布规律,以及种属与地理和气候的关联性,据此筛选、驯化及推广应用了一批优质的食药用菌菌种。运用多组学技术对重乱带要的食药用菌如灵芝、灰树花等开展抗肿瘤、降血糖、降血脂机理研究,明确了其作用功效的物质基础及机制,为哗陆芦食药用菌精深加工奠定了理论支撑。

    微生物公共数据库

    如何对一株微生物进行分类鉴定和命名

    (1)常规鉴定

    常规鉴定内容有形态特征和理化特性。形态特征包括显微形态和培养特征;理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应和血清学反应等。(2)BIOLOG碳源自动分析鉴定

    BIOLOG鉴定以微生物对不同碳源的利用情况为基础,检测微生物的特征指纹图谱,建立与微生物种类相对应的数据库。通过将待测微生物与数据库参比,得出鉴定结果。(3)分子生物学鉴定

    提取细菌基因组DNA,然后PCR扩增16srDNA片段并测序,将结果与GeneBank或者Eztaxon对比分析,一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌,该方法也是目前微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。——源自

    微生物的抗数据库

    计算机所能做的就是大量的繁琐的运算,只是帮人们解决公式消大化的问题。比如DNA的破解。倒是生物对计算机有很大帮助,下一代智能化计算机就有向生隐桥大物计算灶竖机方向的发展。

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