目录生物数据库的类型有哪些 生物信息学二级数据库有哪些 生物信息学数据库有哪四大类 生物信息学数据库的作用 中国生物信息学数据库
一般来说所用的分析有在线跟的 下面简要列举一些常用在线的使用 1、使用VecScreen，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：
打开google 首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，View report。
二、结果：
输出序列长度918bp，
载体序列的区域456bp——854bp.
克隆载体：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。
2、使用相应，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。
一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。
进入google首页，搜索RepeatMasker，进入RepeatMasker主页，进入RepeatMasking，复制序列，DNA source选择human，运行！点击超链接，在结果中选择
Annotation File ：RM2sequpload_1287631711.out.html
3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：
进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！
二、结果：
CpG岛的长度：385bp
区域：48——432；
GC数量：Sum C+G=297，百分数=77.14
Obs/Exp：1.01
4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Neural Network Promoter Prediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！
二、结果：
位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；
5、运用Splice Site Prediction分析下面序列，分别输滚旁谨出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的
进入google首页，搜索Splice Site Prediction，进入主页，复制序列。Organism选择Human or other。其他默认，运行！
二、结果：
供体：
受体：
6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤：
进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的
进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择all resources（A~Z），选择O，选择ORF finder。复制序列，默认，大基运行！
二、结果：ORF图
三、启清步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize， ，其他默认，运行！
四、结果：
G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。
一、步骤：进入google首页，google in English，搜索REBASE，进入主页， 分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！
在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。
二、结果：
ENSCAN图
8、使用引物设计，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃； 。
生物信息学中kog数据库是什么意思
根据需要从一级数据库中搜集对象的相关数据集合而成的就是二级数据库.
像genebank,EMBL这种都是不加选择的一级数据库,只要是实验获得的,不管什么东西的序列,哪怕是不完整的序列都能上传,而且它们的数据也有可能有重复.如果有某个人专门研究细菌的鉴定,需要用到正式被认可的16srDNA序列,为了研究方便,把这些一级数据库的各个种类细菌的公认标准16srDNA序列的数据进行整理,重新构建了一个数据库,这就是所谓的二级数据库.如果不构建,直接用一级数据库做blast,就会得出很多未被承认甚至不完整的序列,还要人工一个个巧袜穗看过去,找出公认的标准序列,这样就好局很麻烦.我孝卜举得例子在现实中就是韩国的EzTaxon.
1.是作为生物信息学最重要的专门期刊了。2012年度IF=5.468
2.另外还有Briefingsin，这个杂志每年的发稿量少，最近几年IF波动很大，第一年24，后来到9，2012年度IF=5.202。
3.稍次一点的杂志，如BMC，也是生物信息学的专刊。2012年度IF=3.447
4.对于计算向的生物信息学，PLOSBiology是一个很好的期刊。明液悄2012年度IF=5.215
5.除此之外，NatureMethod，也会有生物信息学相关的方法发表。2012年度IF=19.276
生物信息学相关的文章不一定要发到专门的生物信息学杂志，因为生物信息学作为一个，已经融入到很多生物问题的研究中，而不仅仅是一门孤立的学科了埋链。
PLOSBiology也是很好的杂志，2012年度IF=11.452。PLOSOne也会经常激渣有生物信息学文章，但被批灌水太多，算不得牛刊，2012年度IF=4.092。
生物信息学数据库的主要数据类型有哪些的呢？
这些数据的类悔梁型估计都是一些讲述生碧陆运物的种类、特性、生长、悉哪发育和再生等。
北京大学岩陪局生物信息中心有相关信息介绍，粗让请参见链接乱庆http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/documents/bioinfor/overview/web5/5.html，希望能够对你有所帮助。
