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自2001年来，模式动物研究所成员共承担研究国家和省部级项目60余项，其中包括有国家“十五”攻关重点项目、国家“十一五”科技支撑重点课题、国家基础研究重点项目、十五国家重大科技专项、973项目、863项目、国家杰出青年基金，国家自然科学基金重大项目、国家自然科学基金面上项目等，项目经费合同差雀金额近1.5亿元。自2005年至今，我所科学家共发表SCI源论文百余篇 。
国家遗传工程小鼠资源库建立了成熟完善的转基因、基因剔除和ENU化学诱变等基因组改造技术，运用国际上先进的BAC重组技术，成为亚洲最大的基因剔除技术服务中心，已经成功制备了300余种转基因小鼠和基因敲除小鼠品系。通过科研合作和培训等方式，向国内22个省市自治区的数百家科研单位、医院及制药企业提供各种小鼠模型，协助国内（包括香港）的百余个优秀实验室开展转基因与基因剔除小鼠的研究，合作单位几乎囊括了国内所首基有的优秀科研院校。资源库拥有丰富的疾病模型资源，是国际上最大的小鼠品系资源中心之一（500余种），其中包括糖尿病、肿瘤、心血管疾病、肥胖症、发育缺陷等300多种人类者庆谨疾病的动物模型，其中拥有自主产权的疾病模型已经超过100种。同时，建立了完善的质量管理体系，于2006年通过国际AAALAC论证 。
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这旦卜些动物都是来自大自模判穗然中或者通过人工繁衍，人工养殖的方式得来的，盈利模式是通过这些动物在动物园的表演以及门冲键票进行盈利。
研究所的主要学科发竖腊展方向物纤吵是遗传学与功能基因组学。遗传学和功能基因组学是现代生物学的核心学科，其发展对其它生物医学领域的发展有关键性的辐射作用。它的发展目标是通过引进优秀专业人才，形成具有国际水平的研究群体和学科梯队，开展基础性、创新性研究，加强与国际、国内优秀研究群体的合作，大力发展遗传学和功能基因组学的研究和学科罩侍建设，最终使之成为集科技资源服务、科学研究和人才培养为一体的国家级基地 。
研究院集研发、科技支撑和人才培训于一体，依托南京大学在疾病模型研发领域国际领先的科技、人才和信息优势，瞄准未来国际生物医药的发展方向，在南京高新区打造国际知名的、引领全国乃至世界的“生物谷”。该研究院依托南京大学模式兄源闷动物研究所和药物开发国际合作，力争经过五年的建设，在现有教育部重点裂迟实验室的基础上，发展成为国家重点实验室。同时，还将依托南京大学的教学资质和研究院的科技队伍和科技资源，为国内外，特别是南京市和高新开发区培育生物医药行业高羡弯层次的创新人才、技术人才和管理人才，为产业聚集营造人才保障和人力资源库。
