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生物信息网,生物交流网站

  • 生物
  • 2024-08-02

生物信息网?不可错过的国内生物信息网点分享:北京大学生物信息中心、中国生物信息网、华大基因研究中心。1、北京大学生物信息中心 介绍:CBI成立于1997年3月,它是EMBnet 的中国节点,也是亚太生物信息网APBionet 的中国节点,网页很值得去访问一下。从PKUCBI可以立即进入EMBnet的主页和若干重要生物数据库的镜像点。那么,生物信息网?一起来了解一下吧。

中国生物技术网

首先,生物信息学这个概念太大了,没有详细的方向。

1.如你想走序列分析可以参考NCBI,RDP,这两个网站是做生物分子研究最常用的,下面这个里面的推荐网站可以看看,建议不要都去研究(如果你精力有限的话,学好NCBI这个是基础),http://blog.renren.com/share/221052439/453520050和http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2011/08/07/2130360.html。

2.论坛的话:生物秀,小木虫,生物信息学天空,丁香园等等

建议根据自己的需要或者研究方向,专门去攻破一项,比如核苷酸,比如蛋白质等等。要想全部学习构建完整系统的生物信息学框架,我个人觉得相对比较难。以上仅供参考,自己斟酌。加油。

生物网

韦恩图

工具:Venny2.0

地址: http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

基因预测

工具:FGENESH

地址: http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

phylogenetic

工具:iTOL

地址: http://itol.embl.de/index.shtml

启动子区预测

工具:Promoter Scan

地址: http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

蛋白质一级结构分析

工具:PredictProte

地址: https://www.predictprotein.org/home

工具:ExPASy-ProtParam tool

地址: http://web.expasy.org/protparam/

信号肽

工具:SignalP

地址: http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

跨膜结构域

工具:TMHMM Server v. 2.0

地址: http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

蛋白质亚细胞定位

工具:PSORT II Prediction

地址: http://psort.hgc.jp/form2.html

蛋白质三级结构预测

工具:SWISS-MODEL

地址: http://swissmodel.expasy.org/interactive

短序列拼接

工具:Cap3

地址: http://doua.prabi.fr/software/cap3

多序列比对相似性展示

工具:SimiTriX-SimiTetra

地址: http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

绘制GO注释结果

工具:WEGO (Web Gene Ontology Annotation Plotting)

地址: http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

蛋白质domain

工具:Pfam database

地址: http://pfam.xfam.org/

基因组杂合性评估

工具:GenomeScope (Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach)

地址: http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2

circos****图

工具:CIRCOS (可以用来画基因组数据的环状图,也可以用来绘制其它数据的相关环状图。

查询生物信息的网站

国外与生物信息学相关的网站有哪些

生物信息学高度依赖于网络。实际上,你需要的几乎所有资源,都可以从网上下到。你需要关注你研究领域所需要的那些,而不是全部的资源。

我原来常用的:

NCBI:持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具,以及BLAST序列比对搜索工具,PUBMED文献数据库,Taxonomy数据,COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库,BLAST的单机程序,以及各种工具程序。

EBI:和NCBI类似,欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具,比如多序列比对。

Uniprot:全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分:SwissProt是人工校对过的,TrEMBL是自动校对的。

Pfam:蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。

Rfam:RNA的,类似Pfam。

RDP:16S rRNA库。除了序列,它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以对输入序列进行物种分类,效率和准确性较直接使用BLAST更高。

中国农业科学院生物技术研究所

一 美国国家生物技术信息中心NCBI(National Center for

Biotechnology Information)

NCBI是一个极具人性化的网站,网站的主页清晰的阐明了NCBI所做的工作及相关领域最新的热点内容,新闻等。为了方便使用者更加熟练使用网站资源,NCBI在主页清晰的标注了站点导航,非常便于初学者熟悉和掌握NCBI的站内资源。

另外,NCBI将其网站资源列于主页左侧,其中包括:SITE MAP, About NCBI, GenBank, Literature

databases, Molecular databases, Genomic biology, Tools, Research at

NCBI, Software engineering, Education, FTP site, Contact

information等等。

二EBI(European

BioinformaticsInstitute)欧洲生物信息研究所The European

Bioinformatics Institute(EBI)是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一,位置座落于英国The Wellcome Trust

Genome Campus。

生物查询网站

生物信息工作者必备的国外重要的生物信息中心有EBI、EMBnet 、EMBL、NCBI。

数据库是一切生物信息学工作的出发点。大量数据库集中在一些国际或国家的生物信息中心。这些中心一般还提供数据库检索服务、检索工具和各种免费软件。分别介绍一批较为重要的国际和国内的生物信息中心和网点。所谓“重要”,当然是相对言。

有些学校或研究所的网页包含某方面的有益信息,也就同真正的“中心”一样列入名单。在这样的前提下,疏漏和偶然入选都在所难免。国际生物信息资源和数据库的免费自由使用,是以从事非营利的教育和科学研究为前提的,请不要利用学术性的免费数据库从事商业活动。

1、EBI,欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)网址:http://www.ebi.ac.uk/(EBI主网页,可链接到其他项目)http://www2.ebi.ac.uk/(各种数据和分析工具)http://www3.ebi.ac.uk/(EBI 的公众服务网页) ftp://ftp.ebi.ac.u k

介绍:1994年建立于英国剑桥。它的前身是位于德国海德堡的欧洲分子生物学实验室的信息服务部门。

以上就是生物信息网的全部内容,1、EBI,欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)网址 :http://www.ebi.ac.uk/(EBI主网页,可链接到其他项目) http://www2.ebi.ac.uk/ (各种数据和分析工具)http://www3.ebi.ac.uk/ (EBI 的公众服务网页) ftp://ftp.ebi.ac.u k 介绍:1994年建立于英国剑桥。

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